Ist die Funktionsanalyse durchgeführt, kann eine individuelle CMD-Therapie beginnen. Meist genügt ein Behandler alleine für die Therapie der CMD nicht, weshalb eine interdisziplinäre Zusammenarbeit von diversen Fachärzten (Zahnärzte, Orthopäden, Hals-Nasen-Ohren-Ärzte, Physiotherapeuten) notwendig erscheint.

So erfolgt die Behandlung immer in enger Zusammenarbeit zwischen dem überweisendem Arzt und dem Physiotherapeuten. Häufig ist die Anfertigung einer Aufbissschiene sinnvoll, die unterstützend dazu beiträgt, das Kausystem und somit die Körperstatik wieder ins Gleichgewicht zu setzen.

Die CMD-Behandlung zielt somit darauf ab, ein harmonisches Zusammenspiel der Körperstatik und des Kausystems wiederherzustellen. Je nach Art und Schweregrad der Craniomandibulären Dysfunktion sowie der mitbetroffenen Parameter können folgende Therapiemaßnahmen einzeln oder in kombiniert eingesetzt werden: